1. 微生物肥料對土壤條件要求比較嚴(yán)格。肥料施入到土壤后，需要一個(gè)適應(yīng)、生長、供養(yǎng)、繁殖的過程，一般15天后可以發(fā)揮作用，見到效果，而且長期均衡地供給作物營養(yǎng)。
2. 微生物肥料適宜施用的時(shí)間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
3. 微生物肥料應(yīng)避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時(shí)要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發(fā)揮其作用。
4. 微生物肥料不能長期泡在水中，在水田里施用應(yīng)干濕灌溉，促進(jìn)微生物活動。以好氣性微生物為主的產(chǎn)品，則盡量不要用在水田。嚴(yán)重干旱的土壤會影響微生物的生長繁殖，微生物肥料適合的土壤含水量為50%-70%。
5. 微生物肥料可以單獨(dú)施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應(yīng)避免與未腐熟的農(nóng)家肥混用。與未腐熟的有機(jī)肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時(shí)也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。
6. 微生物肥料應(yīng)避免與農(nóng)藥同時(shí)使用。化學(xué)農(nóng)藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時(shí)施用，一次用完，包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發(fā)生改變，影響其使用效果。
7. 避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質(zhì)營養(yǎng)養(yǎng)分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
8. 注意微生物肥料的肥效條件。微生物肥料肥效的發(fā)揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數(shù)、活性大小等質(zhì)量因素；又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機(jī)質(zhì)、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應(yīng)用都應(yīng)注意合理性。